La Unión Húngara para las Libertades Civiles (HCLU por sus siglas en inglés), organización que vigila los derechos humanos, representó a nueve iglesias durante el litigio ante el TEDH.

A pesar de sus numerosas modificaciones, la implementación de la ley de la iglesias de 2012 en Hungría representa uno de los casos más serios de privación de derechos desde el cambio de régimen. La posición de HCLU en esta instancia se encuentra albergada por un fallo de la Corte Constitucional del 2013, el cual establece que la ilegalidad de operación de iglesias afectadas por dicha legislación es inviable, es decir, su estatus legal como iglesias permanece. El gobierno sigue incumpliendo este fallo; más aun, uno de los objetivos de la cuarta reforma de la Ley Organica fue precisamente evitar la posibilidad de establecer el incumplimiento de normas húngaras en materia de protección legal. El TEDH confirma que la ley de la iglesia está en conflicto con la legislación vigente.

La sentencia sostiene que, mientras el objetivo de la legislación de la iglesias, la eliminación de abusos de fondos estatales, sea considerado como legítimo, la privación del estatus de iglesia a denunciantes constituye una restricción desproporcionada a las libertades de culto y reunión. El TEDH mantiene que, al forzar a las iglesias marginadas a someterse a un proceso político para renovar su certificación, sin garantías de un resultado justo, el Estado húngaro viola su obligación de mantener la neutralidad. El mismo principio fue violado cuando las iglesias desfavorecidas fueron tratadas de manera distinta a los cultos más establecidos, no sólo en materia de cooperación con el gobierno, sino también en cuanto a la financiación pública de sus actividades religiosas. El tribunal alegó que no existía motivo alguno para justificar estas acciones legislativas.

La Ley Orgánica en la actualidad incluye normas contradictorias a la Convención Europea de Derechos Humanos, ya que aspectos de la ley de iglesias, consideradas como ilegales, fueron implementadas dentro de la Ley Orgánica por el Parlamento anterior. Por ende, el actual Parlamento tiene la obligación de aplicar modificaciones de fondo.