La défenseure des droits européenne a ouvert une enquête sur la désignation de la CE de conseillers externes afin de déterminer si cela était un moyen de contourner les contrôles sur les conflits d'intérêt. Emily O'Reilly a averti d'une "influence inappropriée sur l'élaboration des politiques" et a déclaré que l'accès de haut niveau des conseillers externes, couplé avec le fait que nombre d'entre eux ont des intérêts externes, rend plus importante encore l'anticipation de possibles conflits". La nomination d'Edmund Stoiber comme conseiller de la CE est au coeur de cette enquête.