Skargi zostały wniesione do Europejskiego Trybunału Praw Człowieka (ETPCz) przez liczne legalnie istniejące i działające związki wyznaniowe, w tym dziewięć reprezentowanych przez Węgierski Związek Swobód Obywatelskich (HCLU), które wraz z wejściem w życie na Węgrzech w 2012 r. nowej ustawy o kościołach utraciły swe statusy "zarejestrowanych kościołów", co pociągało za sobą utratę określonych przywilejów podatkowych i finansowych. Ponowne uzyskanie statusu "zarejestrowanego kościoła" i powrót do możliwości korzystania z dawnych przywilejów wymaga zwrócenia się do węgierskiego parlamentu. Wielu związkom nie udało się odzyskać swojego statusu. W swoich skargach do Trybunału podnosiły, że nowe przepisy są dyskryminujące i naruszają wolność wyznania.
Trybunał orzeka na niekorzyść Węgier
ETPCz podtrzymał swój wyrok z 8 kwietnia 2014 r. w sprawie Magyar Keresztény Mennonita Egyház i inni przeciwko Węgrom, w którym stwierdził, że ustawa o kościołach narusza prawa skarżących do wolności zgromadzeń w związku z wolnością myśli, sumienia i wyznania, gwarantowane przez Europejską Konwencję Praw Człowieka.
Trybunał uznał, że "ustawowa derejestracja skarżących związków wyznaniowych zamiast zastosowania mniej inwazyjnych i drastycznych środków, ustanawianie motywowanych politycznie procedur ponownej rejestracji, których uzasadnienie jest wątpliwe, a wreszcie, traktowanie skarżących inaczej niż zarejestrowanych kościołów nie tylko w zakresie prowadzonej przez nie działalności, ale także w kwestii przyznawania wsparcia finansowego jest sprzeczne z rolą państwa jako neutralnego organizatora życia religijnego". Tym samym Trybunał orzekł, że działania władz węgierskich nie były "konieczne w demokratycznym społeczeństwie".
Wielka Izba odrzuca wniosek o ponowne rozpoznanie sprawy
Rząd Węgier złożył wniosek o ponowne rozpoznanie sprawy przez Wielką Izbę ETPCz. Wielka Izba rozpatruje pozytywnie taki wniosek jedynie w wyjątkowych wypadkach i nie musi go uwzględniać. Komitet pięciu sędziów Wielkiej Izby Trybunału nie znalazł powodów do ponownej oceny wyroku Izby, co oznacza, że wyrok Izby stał się ostateczny.
Bezpośrednią konsekwencją prawomocnego wyroku jest konieczność osiągnięcia porozumienia między rządem Węgier a skarżącymi związkami wyznaniowymi w kwestii przywrócenia ich statusu "zarejestowanego kościoła" i wypłacenia zadośćuczynienia za szkody. Jeśli w ciągu sześciu miesięcy porozumienie nie zostanie osiągnięte, Trybunał ustali swój tryb postępowania.
Węgierski Trybunał Konstytucyjny również orzekł o niekonstytucyjności ustawy o kościołach (Decyzja 6/2013 [III. 1.]), lecz zamiast wprowadzić stosowne zmiany legislacyjne, które przywróciłyby wolność i równość religijną, rząd postanowił zmienić ustawę zasadniczą Węgier.
Otrzeźwiająca decyzja dla rządu
Dlatego też, w świetle wyroku ETPCz, zarówno ustawa o kościołach, jak i ustawa zasadnicza w swojej obecnej formie, naruszają Europejską Konwencję o Prawach Człowieka. Zdaniem HCLU, decyzja Trybunału powinna otrzeźwić rząd i sprawić, by zdał sobie sprawę z tego, że nie może kontynuować ataków na wolność wyznania. Oprócz przywrócenia statusu "zarejestrowanego kościoła" i wypłaty zadośćuczynień, Węgry muszą uchylić ustawę o kościołach oraz poprawki wprowadzone do konstytucji.
"Niewprowadzenie odpowiednich zmian w sprawie w celu zapewnienia jego zgodności z Konwencją naraża Węgry na ponoszenie odpowiedzialności za wyraźne naruszenie ich zobowiązań międzynarodowych" - powiedział Szabolcs Hegyi, prawnik HCLU z Programu Wolności Sumienia.